EM菌种由整个生态系统都存在的五大类微生物中的多种有益微生物组成。EM的生产方法是采用适当的比例和独特的发酵工艺，把经过仔细筛选出来的好气性和嫌气性有益微生物混合培养，形成多种多样的微生物群落，这些菌群在生长中产生的有益物质及其分泌物质成为各自或相互生长的基质（食物），正是通过这样一种共生增殖关系 ，组成了复杂而稳定的微生态系统 ，形成功能多样的强大而又独特的优势，其最初发明人为日本国琉球大学教授比嘉照夫。
ＥＭ的主要成分：１、光合菌群（好气性和嫌气性）。如光合细菌和蓝藻类。属于独立营养微生物 ，菌体本身含60％以上的蛋白质 ，且富含多种维生素，还含有辅酶Ｑ10、抗病毒物质和促生长因子；它以土壤接受的光和热为能源，将土壤中的硫氢和碳氢化合物中的氢分离出来，变有害物质为无害物质，并以植物根部的分泌物、土壤中的有机物、有害气体（硫化氢等）及二氧化碳、氮等为基质，合成糖类、氨基酸类、维生素类、氮素化合物、抗病毒物质和生理活性物质等，是肥沃土壤和促进动植物生长的主要力量。光合菌群的代谢物质可以被植物直接吸收，还可以成为其它微生物繁殖的养分。光合细菌如果增殖，其它的有益微生物也会增殖。例如 ：ＶＡ菌根菌以光合菌分泌的氨基酸为食饵 ，它既能溶解不溶性磷，又能与固氮菌共生，使其固氮能力成倍提高。
２、乳酸菌群（嫌气性）。以嗜酸乳杆菌为主导。它靠摄取光合细菌、酵母菌产生的糖类形成乳酸。乳酸具有很强的杀菌能力，能有效抑制有害微生物的活动和有机物的急剧腐败分解。乳酸菌能够分解在常态下不易分解的木质素和纤维素，并使有机物发酵分解。乳酸菌还能够抑制连作障碍产生的致病菌增殖。致病菌活跃，有害线虫会急剧增加，植物就会衰弱，乳酸菌抑制了致病菌，有害线虫便会逐渐消失。３、酵母菌群（好气性）。４、革兰氏阳性放线菌群（好气性）。５、发酵系的丝状菌群（嫌气性），等单一菌株经特殊工艺复合而成。
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